O primeiro homicídio cuja autoria é atribuída a Francisco ocorreu no dia 2 de março de 2002, no município de Anadia. Segundo o inquérito policial do caso, o acusado e outros dois foram pagos por outra pessoa para matar Sebastião Nunes Targino, que era apontado como autor do assassinato de um irmão do mandante.

Para executar a vingança encomendada, Francisco e os dois comparsas se esconderam a margem de uma estrada que passa por dentro de um canavial e surpreenderam Sebastião, no momento em que ele retornava da feira livre da cidade para casa. A vítima foi morta com vários golpes de faca.

O outro assassinato que Francisco teria cometido, segundo a polícia, aconteceu no dia 21 de abril do mesmo ano, no povoado Tabuleiro Grande, também no município de Anadia. Na ocasião o acusado e outro homem mataram a facadas Edinilson de Lima Santos, morto porque tinha conhecimento dos crimes praticados na região por aqueles que o mataram. Edinilson foi morto como “queima de arquivo”.

Por conta desses crimes, ele tinha em aberto dois mandados de prisão preventiva expedidos pela comarca de Anadia. A prisão foi efetuada por policiais da Diretoria de Inteligência Policial (Dinpol), coordenada pelos delegados Thales Araújo e Daniel Mayer.