Entre as versões investigadas por policiais da 38ª Delegacia Distrital de Polícia de Tapera é que o militar reformado teria chegado de carro no Sítio Lejeiro, onde acontecia uma bebedeira e onde houve o crime, acompanhado dos primos Danilo dos Santos Oliveira, 22 anos, e Dorival Moraes dos Santos.

Relatos de testemunhas confirmam que em meio da festa, Danilo e o tio, que seria dono da propriedade, teriam discutido e entrado em vias de fato, quando José Nilton, armado com uma pistola calibre .380 golpeou a cabeça de Danilo, que em seguida foi alvejado a tiros pelo primo, Dorival.

A versão investigada pela polícia  dá conta de que José Nilton e Dorival teriam fugido, sendo que o militar, ex-integrante da Polícia Militar de Sergipe, foi localizado horas mais tarde por guarnições da PM de Alagoas em sua chácara, também na zona rural de Tapera.

Negando que tivesse dado fuga ao criminoso, José Nilton autorizou que as guarnições realizassem buscas em sua propriedade, onde os policiais apreenderam sua pistola. Levado para a Delegacia Regional de Santana do Ipanema, onde foi ouvido pelo delegado de plantão, Diego Nunes, titular da delegacia de Tapera, o militar sergipano ficou preso, sendo levado no domingo (7) para a audiência de custódia, onde sua prisão em flagrante foi convertida para preventiva, sendo encaminhado para Maceió, para um presídio militar.

José Nilton é pai de Leandro Pinheiro Barros, que em junho passado assassinou com um tiro a esposa, Mônica Cristina Gomes Cavalcante Alves, 26 anos, morta na calçada do fórum de Tapera, após o casal participar dos festejos juninos da cidade ao lado de familiares. Leandro, que está com a prisão decretada, continua foragido.

Em 2010 José Nilton teve a prisão decretada diante da conclusão de investigações realizadas pela Polícia Civil e Ministério Público. Naquele ano ele foi acusado de liderar uma suposta quadrilha que ficou conhecida por "Amiggos do Bem", comprometida com assaltos a bancos, roubo de carros, adulteração de chassis, falsificação de documentos de veículos e homicídios.

Durante as prisões dos suspeitos de integrarem o bando, o filho de José Nilton, o jovem Maxwell Pinheiro Barros foi preso em casa. Com ele os policiais encontraram armas, munições e outros objetos suspeitos.

A prisão do grupo se deu após a polícia suspeitar de que José Nilton havia planejado o assassinato do sargento da PM de Alagoas José Pedro de Araújo, morto em janeiro de 2009, na cidade de Pão de Açúcar.