Contratado ainda na gestão de Ronaldo Fenômeno, após a demissão do argentino Nicolás Larcamón em abril, mas mantido após a compra da SAF por Pedro Lourenço, o treinador conseguiu recuperar o time na fase de grupos da Sul-Americana e brigar na parte de cima do Brasileirão.

Mas, na reta final de trabalho, lidou com instabilidade de resultados e desempenho no torneio nacional. Nem mesmo a classificação nas oitavas de final da Sula, passando pelo Boca, e a vitória na ida das quartas, contra o Libertad, foram suficientes para segura-lo no cargo. Um áudio vazado do investidor do Cruzeiro, Pedro Lourenço, também balançou a relação no fim de julho.

Em pouco mais de cinco meses de trabalho, Fernando Seabra comandou a equipe em 36 partidas, com 17 vitórias, 10 derrotas e nove empates.

Além dos resultados, também pesou o nível de atuações nessas partidas, com pouco volume ofensivo e Cássio fazendo intervenções fundamentais na defesa, evitando placares piores.

Contratado pelo Cruzeiro para ser técnico do Sub-20, ainda em 2022, Fernando Seabra teve sucesso com a equipe, conquistando a Copa do Brasil 2023 e sendo vice na Copinha 2024. Além disso, trabalhou na comissão interina de Paulo Autuori, no fim do Brasileirão passado, levando o time à Sul-Americana.

Seabra deixou o clube para trabalhar no Sub-23 do Bragantino, no fim de janeiro, mas retornou três meses depois, escolhido pela gestão de Ronaldo Fenômeno para substituir Nicolás Larcamón, demitido após o Campeonato Mineiro.