Além dos 80 clubes da fase inicial contemplados no sorteio, outros 12 times previamente classificados ingressarão na Copa do Brasil apenas na terceira fase, quando a disputa ocorrerá com jogos de ida e volta. São eles: Palmeiras, Flamengo, Atlético-MG, Grêmio, Botafogo, Bragantino, Athletico-PR, Vitória, Fluminense, São Paulo, Ceará e Goiás. 

Para realizar o sorteio dos primeiros confrontos do torneio, a CBF distribuirá os nomes dos 80 times da fase inicial em oito potes. De um lado, ficarão os times mais bem colocados no Ranking Nacional de Clubes (RNC), alocados nos potes A, B, C e D. Tais equipes farão a estreia fora de casa, no entanto terão a vantagem do empate para avançarem à segunda fase. Do outro lado estarão os demais 40 clubes distribuídos pelo potes E, F, G, H.

Entre os clubes estreantes no torneio mais democrático do país, estão Água Santa, de Diadema (SP), Amazonas-AM, campeão da Série C do Campeoanto Brasileiro de 2023; Manauara-AM: ;Audax Rio (RJ); Olaria-RJ: Capital-TO; Grêmio Atlético Sampaio-RR; Itabuna-BA; e Petrolina-PE.