No primeiro turno, por causa da Copa América, o time também jogou desfalcado dos atletas das seleções contra estes três times. Ganhou do Fortaleza e perdeu para o Bragantino e Juventude.

O número de jogos seria maior, mas os duelos com o Grêmio e Athletico foram adiados. Os jogadores que desfalcaram o Flamengo foram Gabigol e Everton Ribeiro, da seleção brasileira, Arrascaeta, do Uruguai, e Isla, do Chile.

Houve ainda os problemas indiretos, como no caso de Gabigol, que ficou fora do confronto com o Palmeiras, pela 20ª rodada, por ter se apresentado da seleção com desgaste muscular e Rodrigo Caio, que não enfrentou o próprio Palmeiras, na estreia na competição, por retornar da data Fifa de junho lesionado.

A CBF chegou a anunciar que adiaria as partidas dos clubes que tiveram atletas convocados para as rodadas de outubro das Eliminatórias, mas voltou atrás, o que desagradou os dirigentes do Flamengo.

Em novembro, o técnico Tite faz mais uma convocação para os últimos compromissos das Eliminatórias neste ano. A lista dos jogos que o Flamengo vai atuar desfalcado tem a chance de aumentar.